Забудьте все, что вы знали о Бэтмене, и о Готэм сити раньше. Темный рыцарь – герой, который смог упечь за решетку всех главных злодеев города. Всех? Да не всех, осталась еще парочка таких героев, да и появляются все новые. В город съезжаются злодеи с разных концов земли, а собирает их таинственный и никому до этого неизвестный "Мистер D"... по крайней мере, так он себя называет. Теперь этот мистер собирает всех злодеев. Для чего? спросите вы. Для того чтобы захватить вначале Готэм, и сделать его своим убежищем, и резиденцией. Ну и убить надоедливого мистера летучую мышь, уж больно он всем поднадоел. В этот самый момент серия взрывов потрясает Готэм, и как бы виновен во всем Бэтмен, и сам он после последнего взрыва в старом Готэме - исчезает. Под шумок взрывов в город приезжают злодеи. Но никто этого даже не замечает. Все слишком заняты помощью пострадавшим, и обвинениями Бэтмена в этих взрывах. А может мистер Летучая Мышь погиб? Не дождетесь. Бэтмен понимает, что его хотят уничтожить, что во взрыве в психушке погибли не те люди. А Джокер и все остальные живы, и где-то прячутся. А самое интересное, что подозрительно вся преступность в городе либо куда-то пропала, либо затаилась в ожидании чего-то более масштабного. Так оно и есть... таинственный человек, устроивший все эти взрывы и спектакль с освобождением Джокера и остальных, собирает всех злодеев вместе. Подманивая их желанной властью. Но взамен от них просит лишь одного уничтожения Мистера Мыши. Но каким то также не понятным образом в город стекается и другая половина, наши герои, спасающие мир от зла. А может быть их, собирает Бэтмен. Но ведь он мертв, скажите вы. Возможно, но всякий случай стоит собрать силы. Не верит в его смерть Таинственный Мистер D. Поверит он в его гибель, только после того как сам лично сорвет маску с этого... Рыцаря,  который возомнил себя стражем порядка. И когда он увидит его лицо, и пустит ему в лоб пулю, и сам не сожжет его на костре. Этот злодей не успокоится. А после устранение Бэтмена, можно и остальных убить. А там и мир у ног всего сообщества зла. Самое интересное что ни один из злодеев не видел Мистера D. Общается он с ними двумя способами, связывается через не менее таинственную девушку по кличке кукла. Ее реальное имя Микаэлла Найтингейл, О ее прошлом почти ничего не известно. Второй способ связи, видео послания, но лично с этим D общалась, по всей видимости, Мика. А вот остальным злодеям остается лишь ждать с ним встречи. 

Кто этот – Мистер D. Погиб ли Бэтмен. И что затевают злодеи. Узнаем в ходе игры.